Avant d’être un Musée, Unterlinden était du Moyen-Âge à la Révolution, un couvent.
Vers 1230 deux femmes nobles, Agnès de Mittelnheim et Agnès de Hergheim, décidèrent de fonder un monastère dans un faubourg au nord-ouest de la ville de Colmar, dit Sub tilia (sous les tilleuls, en allemand unter (den) linden). Le monastère féminin des dominicaines d’Unterlinden fut un haut lieu de la mystique rhénane. Il connut un intense développement artistique, spirituel et économique au 13e et 14e siècles. Reformé au 15e siècle, il poursuivit son essor, notamment grâce aux liens tissés avec les grandes familles de la région.