Der Bildschnitzer Niklaus von Hagenau und der Maler Grünewald führen den berühmten Altar zwischen 1512 und 1516 für die Antoniter-Präzeptorei in Isenheim aus, einem Dorf, das etwa 20 Kilometer von Colmar entfernt liegt. Das Polyptychon für den Hochalter der Klosterkirche wird von Guy Guers in Auftrag gegeben, der dem Isenheimer Haus von 1490 bis 1516 als Präzeptor vorsteht.
Die um 1300 gegründete Präzeptorei von Isenheim untersteht dem Hospitaliterorden des hl. Antonius, der Ende des 11. Jahrhunderts in einem Dorf in der Dauphiné ins Leben gerufen wurde. Die Antoniter nehmen die am Antoniusfeuer leidenden Menschen auf und pflegen sie. Im Mittelalter ist diese Krankheit, die auch das heilige Feuer genannt wird, eine regelrechte Plage. Sie wird durch das Mutterkorn, einen Getreidepilz, verursacht. Durch den Verzehr von Mehl, das Mutterkorn enthält, kommt es zu einer Verengung der Blutgefäße, die zu Brand oder Nekrose führen kann. Die Antoniter pflegen die Kranken mit nahrhaftem Brot und dem „Saint-Vinage”, einem Heiltrank auf der Basis von Wein und Kräutern, in den die Reliquien des hl. Antonius getaucht werden. Ein entzündungshemmender Kräuterbalsam wird ebenfalls von den Mönchen hergestellt und verabreicht.
Nach und nach häuft das Antoniterkloster von Isenheim einen beträchtlichen Reichtum an, so dass es zahlreiche Kunstwerke in Auftrag geben und finanzieren kann, darunter den Altar. Bis zur Französischen Revolution steht er in der Klosterkirche von Isenheim. Um ihn vor der Zerstörung zu bewahren, wird er 1792 nach Colmar in die Bibliothèque Nationale du District gebracht. 1852 siedelt er in die Kirche des ehemaligen Dominikanerinnenklosters Unterlinden um und wird zum berühmtesten Werk des Museums, das dort gerade eingerichtet wird. Seitdem übt der Altar eine ungebrochene Faszination auf all diejenigen aus, die sich in seine Betrachtung versenken.
